В апреле 1993 года он получает свою первую авторскую премию «Старт» за лучший дебютный сборник «Атомный сон». После окончания института в 1992-м в течение одного года по ординатуре работает врачом-психиатром, после чего становится заместителем главного редактора журнала фантастики «Миры» при газете «Казахстанская правда», где, в частности, публикует свои рассказы «Почти весна» и «Фугу в мундире». Также ведёт отдел фантастики журнала «Заря» и состоит в редакции газеты «Мальвина».
Весной 1993 года Юлий Буркин приезжает в Алма-Ату и устраивается работать в газету «Казахстанская правда». Встретившись с Сергеем, он предлагает ему написать в соавторстве повесть. Сергей соглашается, и уже через месяц готовая повесть получает название «Сегодня, мама!». Это помогает Сергею выйти из писательского кризиса и закончить повесть «Мальчик и тьма», поэтому он предлагает в соавторстве написать ещё одну повесть. Юлий соглашается, и повесть «Остров Русь» также оказывается готова чуть менее чем за месяц. Однако к этому времени Юлий вынужден уехать в Томск, и поэтому третью повесть, «Царь, царевич, король, королевич», авторы вынуждены писать по отдельности. Тем не менее к 1994 году трилогия оказывается закончена, и часть романа публикуется в газете «Вечерний Новосибирск» и получает поощрительную премию на фестивале «Белое Пятно-94».
В 1994 году выходит второй авторский сборник, включающий в себя весь цикл «Лорд с планеты Земля» и ряд рассказов. В конце 1994 года автор покупает компьютер и после непродолжительного писательского кризиса, связанного с увлечением компьютерными играми, пишет роман, взяв за основу названия рас и планет игры «Master of Orion». Первая часть дилогии «Линия грёз» оказывается закончена к апрелю, а вторая — «Императоры иллюзий» — к сентябрю 1995 года.
К тому моменту он успевает побывать на бесчисленном количестве конвентов, таких как «Интерпресскон-94», «Интерпресскон-95», «Белое Пятно-94», «Фанкон-95» и «Сибкон-95». В марте 1995 года на фестивале фантастики в Красноярске он получает жанровую премию «Странника» «Меч Руматы» за роман «Рыцари Сорока Островов», а в мае — премию «Интерпресскон-95» за рассказ «Фугу в мундире». С июня 1995 года автор получает возможность общаться в компьютерной сети Фидонет, где и публикует, в частности, ряд произведений, которые впоследствии издаются в сборниках, — «Восточная баллада о доблестном менте» и «Дюралевое небо».
Сразу же после окончания работы над дилогией, в октябре 1995 года, писатель начинает работу над романом «Осенние визиты». Одновременно с этим он пишет повесть «Неделя неудач» для будущего сборника по мотивам произведений Стругацких.
К марту 1996-го, закончив работу над романом в соответствии с договором издательства «Локид», он начинает писать два новых романа, «Звёзды — холодные игрушки» а затем и «Лабиринт отражений». К этому времени, несмотря на задержку, выходят романы «Линия грёз» и «Императоры иллюзий», трилогия «Лорд с планеты земля», а также сборник ранней фантастики «Отложенное возмездие». После этого выходит сборник «Время учеников», в который вошла под названием «Временная суета» повесть «Неделя неудач».
К осени 1996 года автор заканчивает работу над «Лабиринтом отражений» и навсегда покидает Алма-Ату, переехав на постоянное жительство в Москву. Основными аргументами становятся близость к издательствам и слишком большие денежные затраты на многочисленные поездки в Россию. К концу 96-го он заканчивает работу над романом «Звёзды — холодные игрушки» и сразу после переезда в Москву совместно с Ником Перумовым начинает работу над задуманным ещё во время общения в Фидо романом под начальным названием «Мгновенья дня, мгновенья ночи».
В 1997 году он заключает контракт с издательствами АСТ и Terra Fantastica на публикацию двух своих новых книг в книжной серии Звездный Лабиринт. В июне в этой серии выходит «Лабиринт отражений», а в июле — «Звёзды — холодные игрушки». Тем временем в издательстве «Эксмо» выходит совместный роман соавторов, получивший название «Не время для драконов». В августе 1997 года он начинает работу над новым романом «Холодные берега», полностью закончив его к ноябрю этого же года.
В 1998 году вышел роман Ночной дозор, положивший начало новой серии (Дневной дозор, Сумеречный дозор, Последний дозор, Мелкий дозор и пр.) и получивший большую популярность в связи с экранизацией в 2004 году.
В ноябре 2008 года писатель принял участие в телеигре «Что? Где? Когда?» в команде Валдиса Пельша и верно ответил на вопрос о фильме «Назад в будущее», после которого его команда одержала победу.
Считает своё творчество отчасти постмодернистским.
В январе 2010 года журнал «Эксперт» составил рейтинг десяти лучших российских писателей, в котором Лукьяненко разделил с Александром Кабаковым и Борисом Акуниным 5—7-е места. Журнал выставил писателям оценки по семи параметрам: «Премии», «Признание экспертов», «Тиражи», «Наличие фанатов», «Публичность», «Наличие экранизаций», «Репутация», и в сумме Лукьяненко, так же как Кабаков и Акунин, набрал 26 баллов, причём за премии Сергей Васильевич получил один балл: журнал ошибочно посчитал, что в активе Лукьяненко нет ни одной премии. В итоге Лукьяненко отстал на 5 баллов от победителя — Виктора Пелевина — и на 3 балла — от занявшей второе место Людмилы Улицкой.
С января 2010 года ведёт авторскую колонку в интернет-газете «Взгляд».
С декабря 2010 года работал над очередным романом из «дозоровского» цикла — «Новый дозор», который был опубликован в 2012 году.
В 2011 году вместе с соавтором Владимиром Васильевым принимает участие в телепроекте «Город чудес, или Новогодний дозор, вольной новогодней интерпретации «Дозоров» на Украинском телевидении.
28 Января 2020
Группа поклонников творчества Сергея Лукьяненко снимает сериал по мотивам романа «Осенние Визиты». И они выложили в сеть первые 7 минут своей работы.
21 Января 2020
Крупнейший магазин электронных книг ЛитРес опубликовал на сайте список самых продаваемых книг за 2019 год.
06 Января 2020
Группа «Эксмо-АСТ» опубликовала список самых продаваемых книг 2019 года.